Problem z wyborem systemu operacyjnego – pod który będzie oprogramowanie na zamówienie a więc i obsługiwany- ma miejsce w przypadku aplikacji stacjonarnej. Przeszło 90% komputerów używa systemów z rodziny Windows (XP, Vista, 7) i pod ten system tworzone są zwykle aplikacje stacjonarne.
System Windows, chociaż jest kosztowny ma wiele zalet, które decydują o jego wykorzystaniu. Przede wszystkim, jest prosty w obsłudze i powszechnie wykorzystywany. Istnieją jednak inne systemy operacyjne, które mogą również być użyte, a w dodatku są bezpłatne. W większości przypadków wyboru dokonuje się pomiędzy rodziną systemów Windows a rodziną systemów opartych o jądro Linux.
| Systemy Windows | Systemy Linux |
| Większe obycie z tym systemem wśród zwykłych użytkowników ze względu na powszechność jego użycia | Używany głównie przez branżę IT |
| Kosztowny. Wyposażenie jednego komputera to koszt kilkuset złotych | Zwykle darmowy |
| Łatwa instalacja | Instalacja trudniejsza niż w przypadku Windows |
| Dużo dostępnych programów powszechnego użytku | Mniejsza liczba dostępnych aplikacji, zwykle mniej popularnych niż dla Windows |
| W miarę łatwa obsługa | Obsługa trudniejsza, wymagana jest w miarę dobra znajomość systemu |
| Dziury bezpieczeństwa, system najczęściej atakowany | Duże bezpieczeństwo |
| Stabilny, jednak nie tak jak Linux | Stabilniejszy niż Windows |
| Posiada GUI (graficzny interfejs użytkownika) | Niektóre wersje posiadają GUI |
Z powyższego zestawienia wynika, że główną wadą Windows są luki bezpieczeństwa i cena. Główną zaletą systemu jest obycie z nim znacznej części użytkowników, którzy używają go także w swych domowych komputerach. Firmy wybierają ten system wiedząc, że jedynie z nim poradzi sobie pracownik przeciętnie znający się na komputerach. Jednorazowo wydane kilkaset złotych na system operacyjny stanowi w tym przypadku niewielki wydatek w porównaniu do kosztownych szkoleń, jakie musieliby przejść pracownicy, aby wprawić się w nieznany dotąd im system operacyjny.
Udziały rynkowe systemów operacyjnych na podstawie: gemiusRanking (www.ranking.pl) na dzień 20.12.2009
